Il 6 novembre dello stesso anno morì a Berlino (Germania) in seguito a un attacco di cuore. L’11 novembre si svolsero i funerali solenni nella sala degli addii di Wilmersdorf a Berlino. Nel 1948, l’urna con le sue ceneri fu trasportata al Lithuanian National Cemetery di Chicago (USA) per la sepoltura.
Nel 1950, sul luogo della sua tomba fu inaugurato un monumento in onore di Šliūpas. Successivamente, la sua seconda moglie, Grasilda Grauslytė-Šliūpienė (1893-1976) di Palanga, fu sepolta nelle vicinanze.
J. Šliūpas divenne famoso per la sua straordinaria attività, il suo talento e la sua perseveranza in contesti educativi e politici sia in Lituania che nella diaspora.
La sua biografia è ricca di esperienze straordinarie, di incredibili colpi di scena, di alti e bassi, e la sua energia e il suo carattere deciso hanno talvolta scatenato accesi dibattiti pubblici.
Uno dei fatti e delle fasi più importanti della biografia di Šliūpas è legato a Palanga, dove trascorse gli ultimi anni della sua vita.
Visse lì dal 1930 e, quando Palanga ottenne i diritti di città, divenne il primo borgomastro nel 1933 e prestò servizio a intermittenza fino al 1941.
Jonas Šliūpas visse una lunga vita, seguendo un principio semplice, di cui disse anche semplicemente: “Ho vissuto come meglio sapevo e potevo, cercando sempre di raggiungere un certo ideale”.
Per i suoi servizi alla Lituania, fu insignito per due volte (nel 1928 e nel 1936) dell’Ordine di Gediminas del GDL, di 1° e 2° grado; nel 1933 fu emesso un francobollo con la sua immagine nella serie Dawnbringers e, nello stesso anno, gli fu conferito l’Ordine delle Tre Stelle della Lettonia. Anche il suo contributo alla scienza e alla cultura fu riconosciuto: gli furono conferite lauree honoris causa in medicina (1923), scienze umane (1923) e legge (1939). Nel 1936, il suo 75° compleanno fu celebrato al Teatro di Stato di Kaunas.